Como consecuencia de la adición de nuevas sustancias o formas de energía a las aguas se produce una alteración de la calidad natural de las mismas, que las hacen total o parcialmente inadecuadas para la aplicación útil a la que se destinaban. Esta alteración o contaminación del agua puede ser muy diferente según se trate de aguas superficiales o subterráneas. Las primeras son más fáciles de contaminar, lo hacen con mayor rapidez , sin embargo su detección es más fácil lo cual hace que sean más accesibles de proteger, además tienen una autodepuración alta. Las aguas subterráneas sin embargo aunque son más dificiles de contaminar, ya que se encuentran más protegidas, y lo hacen con mayor lentitud que las aguas superficiales, tienen una capacidad de autodepuración lenta e incluso irreversible lo cual se ve agravado por el hecho de la dificultad de detección, evolución y movimiento de los contaminantes.